Stage Master 2 - Nouvelles approches bioinformatiques pour capturer la diversité du transcriptome.

L'étude du transcriptome connaît aujourd'hui une révolution dans précédent avec le développement des technologies RNA-seq qui permettent non seulement de quantifier l'expression des gènes mais aussi de détecter de nouveaux transcrits variants. Cependant, aucun algorithme n'est encore en mesure de capturer la diversité phénoménale des isoformes de transcription. Il y a plus de 500.000 banques de RNA-seq disponibles dans le domaine public, et chaque banque contient des milliers de transcrits différents qui résultent des variations de chaque génome individuel et des mécanismes de maturation des ARN. Bien que ces variations puissent être très importantes fonctionnellement, la plupart sont ignorées par les protocoles bioinformatiques actuels.

Dans ce projet, notre laboratoire fait équipe avec deux groupes de bioinformatique à l'INRIA Lille et à l'INSERM Montpellier pour créer une nouvelle génération de logiciels d'analyse RNA-seq utilisant des structures d'indexation en k-mer permettant des analyses particulièrement performantes. Sur cette base, nous développerons des outils permettant de comparer directement les banques au niveau des k-mer et d'extraire tout évènement significatif indépendamment de son origine (génomique, transcriptomique/ post-transcriptomique). Nous utiliserons nos programmes pour analyser des jeux de données publiques (notamment de cancer) ou produites par nos collaborateurs afin d'identifier de nouveaux biomarqueurs ayant échappé à tous les cribles préalable