Stage M2 : Développement Méthodologiques en RMN pour l'Analyse Structurale de Mélanges Complexes; Methodological Development in NMR for the Structural Analysis of Complex Samples

Date de mise à jour de l’offre

Université Paris Descartes :

L’université Paris-Descartes dont le nom officiel est Paris-V est une université française créée en 1971. C'est une des treize universités parisiennes5, héritières de l'université de Paris et de la Sorbonne. Elle est pluridisciplinaire et fait partie de la communauté d'universités et établissements (Comue) université Sorbonne-Paris-Cité. Elle se définit comme « l’université des sciences de l'homme et de la santé ». L'université fusionnera au 1er janvier 2019 avec l'université Paris-Diderot et l'Institut de physique du globe pour donner naissance à l'université de Paris. Avec ses 9 Unités de Formation et de Recherche (UFR) et son IUT, l’Université Paris Descartes couvre l’ensemble des connaissances en sciences de l’homme et de la santé. Seule université francilienne réunissant médecine, pharmacie et dentaire, son pôle santé est reconnu en Europe et dans le monde entier pour la qualité de ses formations et l’excellence de sa recherche.

Description de la mission

Context: NMR spectroscopy has proved to be a unique tool for probing structure and dynamics in a wide range of molecular assemblies. Continuous methodological developments combined with the breakthroughs which have been accomplished in probe and spectrometer hardwares have led to a variety of high-resolution experiments that have paved the way for an accurate measurement of large ensembles of spin interactions. These observables are particularly useful to constrain the most sophisticated simulations, allowing to describe complex chemical species and processes at an atomic level. Unfortunately, in most of the systems that are of interest to the scientific community nowadays, the size or the complexity of the molecular architecture which is probed often leads to overcrowded spectra whose resolution is too low to give access to their analytical content. Neither the use of very high field spectrometers, nor the development of pulse sequences that combine broadband and selective irradiations have allowed to fully address this problem. In this context, we have developed over the last years original methods for producing ultra-high- resolution proton NMR spectra, both in 1D and for multi-dimensional correlation analyses. We could demonstrate their analytical potential in metabolomics.[1-2] Objectives: The research proposal aims at implementing some of the most recent tools developed in the field of ultra-high-resolution NMR, in order to acquire 1D and 2D spectra under broadband homonuclear decoupling, also known as pure shift NMR. The application that will be targeted is the improvement of standard NMR methods used for studying mixtures of metabolites. Work plan: During this internship, the student will learn how to run an NMR spectrometer, and implement the new NMR experiments that have been developed on our platform. He/she will notably evaluate original improvements such as pure shift and J-edited, or non-uniform sampling approaches that will allow to increase the sensitivity and/or the acquisition rate. He/she will analyze the resulting spectra in order to evaluate the quality of these new sequences. He/she will be in charge of the analysis of the investigated samples. [1] Rule-Mining for the Early Prediction of Chronic Kidney Disease Based on Metabolomics and Multi-Source Data. PLOS ONE 2016, 11 (11), e0166905 [2] Urinary metabolic profiling of asymptomatic acute intermittent porphyria using a rule-mining-based algorithm. Metabolomics 2017, 14 (1), 10

Profil recherché

The student should have a Master 1 degree level with a background of chemistry or biology or biochemistry and a good knowledge of the NMR theory. In addition, some notions of statistical analysis will be appreciated.

Niveau de qualification requis

Bac + 4/5 et +
  • Employeur
    Université Paris Descartes
  • Secteur d’activité de la structure
    Enseignement - Formation - Recherche
  • Effectif de la structure
    Plus de 250 salariés
  • Site internet de la structure
    http://www.parisdescartes.fr
  • Type de stage ou contrat
    Stage pour lycéens et étudiants en formation initiale
  • Date prévisionnelle de démarrage
  • Durée du stage ou contrat
    Plus de 4 mois et jusqu'à 6 mois
  • Le stage est-il rémunéré ?
    Oui
  • Niveau de qualification requis

    Bac + 4/5 et +
  • Lieu du stage
    Université Paris Descartes / Université de Paris
    Université de Paris, Campus Saint Germain, UMR8601 CNRS 45 RUE DES SAINTS PÈRES
    75006 PARIS 6E ARRONDISSEMENT
  • Accès et transports
    Métro Saint-Germain-des-prés