STAGE Interprétation de données multi-omiques en intégrant un réseau métabolique

Date de mise à jour de l’offre

INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTIRE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT :

Le stage se déroulera à l'Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), une unité mixte de recherche (UMR1318) sous la tutelle conjointe INRAE et AgroParisTech et appartenant à l’Université Paris-Saclay. L'IJPB est également membre fondateur de l’Ecole Universitaire de Recherche (EUR) Saclay Plant Sciences (SPS). L’IJPB est un des plus grands centres de recherche européens dans le domaine de la biologie des plantes. Il regroupe un ensemble de ressources et de compétences pluridisciplinaires en biologie, chimie et mathématiques uniques en France. Notre but : développer une recherche pluridisciplinaire sur le végétal pour produire des connaissances fondamentales en biologie, les inscrire dans un processus d’innovation et répondre ainsi aux défis scientifiques et sociétaux à venir.

Description de la mission

L'Institut Jean-Pierre Bourgin est un institut dédié à la recherche sur les plantes, regroupant un ensemble de compétences en biologie, chimie et mathématiques, organisé en 3 pôles de recherche, un Observatoire du végétal (CRB et plateformes) et des services communs (SC). Ce stage est proposé au sein du SC info-bioinfo qui regroupe des ingénieurs et techniciens en informatique et bioinformatique.
Pour comprendre et caractériser les processus biologiques impliqués dans la réponse à des stress (a)biotiques chez la plante modèle Arabidopsis thaliana, les équipes de l’unité on recourt à des approches multi-omiques et des designs expérimentaux complexes. Des analyses ont permis de trouver des voies métaboliques, gènes et protéines clefs dans la réponse à ces stress. Des approches de modélisation sont désormais amorcées, en collaboration avec l’équipe BioSys (MaIAGE) spécialisée en Biologie des systèmes, avec pour objectif de pouvoir prédire in silico la réponse au stress.
Cette équipe a réalisé un travail conséquent afin d’enrichir le réseau métabolique d’Arabidopsis pour les voies impliqués dans la réponse aux stress. Ce modèle de connaissances est une ressource précieuse pour l’interprétation des données multi-omiques.
Bien qu'il existe des stratégies pour interpréter ces données, comme les analyses d’enrichissement et les représentations graphiques (MapMan, PaintOmics4, ...), celles-ci se basent souvent sur des bases de connaissances généralistes (KEGG, Reactome...) et n’acceptent pas toujours des modèles personnalisés. De plus, la prise en compte de l’ensemble transcrits, protéines et métabolites pour effectuer une analyse d’enrichissement n’est pas proposée.
Objectif : Développer des fonctionnalités permettant d’utiliser le modèle personnalisé pour mettre en évidence les réactions impliquées dans la réponse aux stress.
Missions :
· Mapper les résultats d’analyse multi-omique (liste d’entités) sur le réseau métabolique AraCORE-consolidated, fourni sous format SBML. Normaliser les identifiants des entités. Fournir des statistiques descriptives des résultats du mapping
· Mettre en place une procédure pour l’analyse d’enrichissement (OverRepresentation Analysis) en se basant sur ce modèle consolidé
· Identifier une méthode d’enrichissement intégrant la topologie d’un réseau multi-omique
· Proposer un format d’export pour une visualisation des résultats par un logiciel tiers (cytoscape, MetExploreViz...) afin de faciliter l'interprétation des résultats

Profil recherché

Formation recherchée : M2 ou dernière année d’école d’ingénieur avec parcours bio-informatique.
· Maîtrise de shell, R et/ou python
· Bonnes pratiques de développement de code
· Des notions de statistiques et/ou graphes seraient appréciées
· Des connaissances en analyse de données -omiques ou en biologie des systèmes seraient également appréciées
· Maîtrise du français et/ou de l’anglais

L’IJPB prend en charge le financement de 50% des frais d’abonnement de transport publics (aller-retour domicile/travail)

Niveau de qualification requis

Bac + 4/5 et +
  • Employeur
    INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTIRE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
  • Secteur d’activité de la structure
    Enseignement - Formation - Recherche
  • Effectif de la structure
    Plus de 250 salariés
  • Site internet de la structure
    https://ijpb.versailles.inrae.fr
  • Type de stage ou contrat
    Stage pour lycéens et étudiants en formation initiale
  • Date prévisionnelle de démarrage
  • Durée du stage ou contrat
    Plus de 4 mois et jusqu'à 6 mois
  • Le stage est-il rémunéré ?
    Oui
  • Niveau de qualification requis

    Bac + 4/5 et +
  • Lieu du stage
    Route de Saint Cyr INRAE – Centre de Versailles-Saclay
    78000 VERSAILLES
  • Accès et transports
    Accès facile par la Gare de Versailles Chantier ou Versailles Château Rive-Gauche puis Bus (lignes 11, 40, 401, 44,) arrêt INRA Ou Gare de Saint-Cyr l’Ecole puis 15 min de marche jusqu’au centre INRAE