STAGE Étude à microéchelle par microscopie confocale à balayage laser des paramètres structuraux et physico-chimiques de biofilms d’Escherichia coli influençant la biominéralisation du manganèse

Date de mise à jour de l’offre

Grand Etablissement :

L'institut de physique du globe de Paris est un grand établissement d'enseignement supérieur et de recherche, composante de la nouvelle Université de Paris. Il est tutelle de l'UMR 7154 qui regroupe toutes les activités de recherche, avec comme cotutelles le Centre national de la recherche scientifique (CNRS), les universités de Paris et de la Réunion et l'IGN. L'IPGP est aussi tutelle de l'UMS 3454, qui regroupe toutes les activités d'observation, avec le CNRS cotutelle. En outre, l'IPGP est un laboratoire spatial du Centre national d'études spatiales (CNES). Aux missions de l'IPGP, missions de création et de transmission du savoir dans les champs des géosciences s'ajoute une mission d'observation des phénomènes naturels.

Description de la mission

La biominéralisation est un processus actuellement grandement étudié du fait de l’impact fort qu’elle peut avoir dans des domaines très variés. Dans le cadre de ce projet, c’est la biominéralisation en contexte environnemental, en lien avec le cycle des métaux, qui est étudiée.
En effet, on compte entre 10^6 et 10^10 bactéries par gramme de sol (et entre 10^3 et 10^5 cellules par gramme de roche en profondeur). Les sols et les roches sont donc un compartiment extrêmement réactif où ces cellules microbiennes peuvent interagir avec l’eau, les minéraux et notamment les métaux présents en solution ou dans les phases minérales. Ces bactéries sont présentes sous forme de biofilms qui sont des structures hautement poreuses et riches en eau où les cellules se lient entre elles en sécrétant des EPS (Extracellular polymeric substances). Ces cellules et EPS contiennent en particulier des sites propices à la fixation des cations métalliques qui concourent à la biominéralisation de ces métaux.
Afin de comprendre comment ces biofilms, hétérogènes à toute petite échelle, interagissent en particulier avec ces cations métalliques et comment ils peuvent influencer leur devenir et leur spéciation, il est donc essentiel d’avoir une description à haute résolution spatiale de la structure et des propriétés physico-chimiques des biofilms dans les trois dimensions de l’espace.
Pour ce faire, durant ce stage il est prévu de faire croître des biofilms à l’aide du système de pompe ibidi pour la culture cellulaire sous flux nutritif puis de les caractériser directement en 3D grâce à la microscopie confocale à balayage laser (CLSM). À l’aide de diverses sondes fluorescentes permettant localement de sonder les microenvironnements, les paramètres structuraux tels que la porosité, la localisation des cellules et des EPS seront déterminés, mais aussi des paramètres physico-chimiques tels que le pH, la concentration en espèces réactives de l’oxygène, en lipides, en protéines et en cations comme le manganèse.
Dans un second temps, un cation métallique, le manganèse, élément-clé dans le cycle redox de nombreux autres métaux via la formation de biominéraux d’oxydes de manganèse, sera ajouté afin de regarder l’influence de ces paramètres locaux sur ce manganèse.

Profil recherché

Master Recherche Chimie ou Sciences de la Terre

Niveau de qualification requis

Bac + 4/5 et +
  • Employeur
    Grand Etablissement
  • Secteur d’activité de la structure
    Enseignement - Formation - Recherche
  • Effectif de la structure
    Plus de 250 salariés
  • Site internet de la structure
    http://www.ipgp.fr
  • Type de stage ou contrat
    Stage pour lycéens et étudiants en formation initiale
  • Date prévisionnelle de démarrage
  • Durée du stage ou contrat
    2 mois
  • Le stage est-il rémunéré ?
    Non
  • Niveau de qualification requis

    Bac + 4/5 et +
  • Lieu du stage
    IPGP 1, Rue Jussieu
    75238 PARIS 5E ARRONDISSEMENT
  • Accès et transports
    métro Jussieu - lignes 10 et 7