STAGE Etude d'holobiontes microbiens par microsocpie électronique et NanoSIMS

Date de mise à jour de l’offre

Sorbonne Université :

Etablissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel

Description de la mission

Un groupe d'holobiontes microbiens omniprésents dans les sédiments marins anoxiques a été récemment découvert. Leur fonctionnement repose sur une forme de coopération jamais observée auparavant : une magnétotaxie collective couplée à une syntrophie à base d'hydrogène. Depuis leur première description, nos travaux récents ont permis de découvrir pas moins de 13 holobiontes magnétotactiques distincts dont la magnétoréception est due à des bactéries magnétiques symbiotiques. Ils sont composés de bactéries et de protistes génétiquement éloignés, appartenant à différents super-groupes d'eucaryotes de morphologies et de tailles différentes (ciliés ou flagellés de 5 à 80 μm de long).
Le projet envisagé soutenu dans le cadre de l’ANR SymbioMAGNET a pour objectifs :
- l’investigation ultra-structurale des différents micro-organismes,
- l’analyse cristallo-chimique des magnétosomes intracellulaires propres à chaque espèce,
- la recherche d’échanges métaboliques entre partenaires symbiotiques à nano-échelle par NanoSIMS
Les tâches confiées à la personne recrutée seront les suivantes :
• L'analyse ultra-structurale sera réalisée à partir de cellules entières ou de coupes fines en utilisant différentes approches de microscopie et de spectroscopie. Des analyses par (cryo-)microscopie électronique à balayage (MEB) et par (cryo-)microscopie électronique à transmission à balayage (MET) seront effectuées pour obtenir plus d'informations sur l'ultrastructure des cellules et le positionnement des magnétosomes. Des approches tomographiques innovantes pourront être développées si besoin.
• La minéralogie des cristaux de magnétosomes et les analyses chimiques des inclusions intracellulaires associées seront réalisées à l'aide des techniques de la microscopie électronique en transmission (imagerie à haute résolution, méthodes spectroscopiques telles que XEDS et EELS).
• Les échanges métaboliques potentiels entre les partenaires de la symbiose seront suivis expérimentalement par imagerie isotopique à l'aide du NanoSIMS (spectrométrie de masse des ions secondaires à l'échelle nanométrique). Cette approche sera menée sur des échantillons naturels enrichis en vue de pouvoir suivre les échanges métaboliques potentiels entre les partenaires de la symbiose. Il s’agira en outre de corréler les données NanoSIMS et TEM sur des sections ultra-minces, en vue de visualiser le trafic subcellulaire du C marqué isotopiquement à différents moments après l'impulsion.

Profil recherché

Formation en sciences de matériaux, sciences de la Terre, physique ou chimie, le/la candidat(e) devra être familier avec les techniques de microscopie électroniques (SEM, (S)TEM) et de NanoSIMS.
Savoir-faire :
biologie, spectroscopies, géochimie isotopique, microscopies électroniques en transmission et à balayage
Savoir-faire transversaux : analyse bibliographique, rédaction articles scientifiques,
Un savoir-faire en traitement de données hyperspectrales sera un atout pour ce projet.

Niveau de qualification requis

Bac + 4/5 et +
  • Employeur
    Sorbonne Université
  • Secteur d’activité de la structure
    Enseignement - Formation - Recherche
  • Effectif de la structure
    Plus de 250 salariés
  • Site internet de la structure
    https://www.sorbonne-universite.fr
  • Type de stage ou contrat
    Stage pour lycéens et étudiants en formation initiale
  • Date prévisionnelle de démarrage
  • Durée du stage ou contrat
    Supérieur à 6 mois
  • Le stage est-il rémunéré ?
    Oui
  • Niveau de qualification requis

    Bac + 4/5 et +
  • Lieu du stage
    Institut de Minéralogie, de Physique des Matériaux et de Cosmochimie Sorbonne Université - Campus Pierre et Marie Curie
    4, place Jussieu BC 115
    75005 PARIS 5E ARRONDISSEMENT
  • Accès et transports
    M7 et M10 Jussieu, bus 67, bus 89