STAGE Développement d’une base de connaissances intégrant associations entre événements moléculaires tumoraux (modifications génétiques, dérégulation de la transcription des gènes) et sensibilités à des tra

Le stage s’intégrera dans le cadre du programme de recherche Winther qui vise à répondre au besoin non encore satisfait de sélection individualisée et rationnelle des thérapies anticancéreuses en développant une nouvelle méthode innovante capable de prédire l’efficacité potentielle des traitements à un niveau individuel. L’algorithme prédictif, développé par l’institut IGR, qui permet de générer un classement des thérapies disponibles sur la base des données moléculaires de la tumeur d’un patient est actuellement en validation clinique (essai clinique NCT01856296). Une partie de l’algorithme utilise les données d’expression ARN des tissus tumoraux et des tissus sains d’un même patient et nécessite une interprétation par une base de connaissance associant événements moléculaires tumoraux et sensibilités à des traitements. La base de connaissance actuelle contient 178 traitements actuellement disponibles sur le marché ou bien en développement clinique. L’objectif est d’augmenter la taille de la base de connaissance pour se rapprocher des 300 médicaments actuellement disponibles et des 500 en stade avancé de développement. Les outils qui seront utilisées sont les plateformes de programmation R et KNIME.