STAGE Des données aux modèles : Développement d'une procédure de traitement des données omiques pour l’identification de signatures métabolomiques urinaires

Date de mise à jour de l’offre

Institut National des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement :

L’établissement forme en s’appuyant sur la recherche et sur ses liens aux milieux professionnels des cadres, ingénieurs, docteurs et managers, dans le domaine du vivant et de l’environnement, en déployant un cursus ingénieur, une offre de master et une formation doctorale en partenariat avec de grandes universités françaises et étrangères, ainsi qu’une gamme de formation professionnelle continue sous la marque "AgroParisTech Executive".

Description de la mission

Les travaux de recherche menés dans l'unité PNCA ont pour objectif d'étudier la répercussion de la qualité et de la quantité de l'apport protéique aux niveaux comportemental, cérébral, métabolique, et du statut nutritionnel. Les sujets de recherche de l'équipe d'affectation du stagiaire, "Apport Protéique et Régulation Métabolique" (APReM), portent sur l’évaluation des conséquences des variations de l’apport protéino-énergétique sur le métabolisme et la physiologie, dans différentes situations physiologiques et pathologiques et dans différents contextes nutritionnels. Le stage se fera en lien avec l’équipe SOLsTIS (Statistical mOdelling and Learning for environnemenT and lIfe Sciences) de l’UMR MIA-Paris qui est spécialisée dans le développement de méthodes d’apprentissage statistique pour des données provenant des sciences de la vie et de l’environnement.
La qualité de l’apport alimentaire en protéines des régimes alimentaires dépend de leur capacité à satisfaire les besoins en acides aminés indispensables (AAI) au long des cycles de vie. L’équipe APReM de l’unité PNCA a développé des études précliniques chez le rat, une approche «omique» sensible et non invasive, basée sur l’analyse des profils du métabolome urinaire et plasmatique, comme biomarqueurs spécifiques du statut nutritionnel. Le présent projet vise à identifier des biomarqueurs des sensibilités individuelles à la prise de poids, en fonction des régimes riche en glucides ou de type occidental. Cela sera réalisé par l'analyse chimiométrique de données expérimentales : des échantillons d'urine et de plasma ont été analysés par spectrométrie de masse. Le traitement chimiométrique de ce type de données requiert plusieurs étapes (prétraitement; choix du modèle; interprétation des signaux obtenus; etc.). Le stagiaire réalisera la comparaison de plusieurs méthodes (supervisées ou non) permettant une analyse statistique multivariée de ces données. Il étudiera aussi l'influence de différentes méthodes de prétraitement des données sur les résultats obtenus. Le stagiaire devra donc commencer par un travail bibliographique pour s’approprier les différentes méthodes. Ensuite, l’implémentation sous R et/ou Matlab pourra s’appuyer sur les boîtes à outil et packages existants mais nécessitera du développement de sa part. En plus de l’analyse des données disponibles, la production d’un code commenté et facilement utilisable sur de nouvelles données du même type est un attendu de ce stage.

Profil recherché

A partir de Bac +4 ou 5
Diplôme : Master 1, Master 2 ou équivalent
Il est attendu pour ce poste :
- Bonne connaissance du logiciel R et Matlab
- Bonne connaissance des méthodes de traitement multivariées (ACP, PLS) et de méthode de régularisation (LASSO,...)
- Bon niveau d'anglais
- Capacité d'analyse, d'autonomie, de rigueur et d'organisation

Niveau de qualification requis

Bac + 4/5 et +
  • Employeur
    Institut National des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement
  • Secteur d’activité de la structure
    Enseignement - Formation - Recherche
  • Effectif de la structure
    Plus de 250 salariés
  • Site internet de la structure
    http://www.agroparistech.fr
  • Type de stage ou contrat
    Stage pour lycéens et étudiants en formation initiale
  • Date prévisionnelle de démarrage
  • Durée du stage ou contrat
    Plus de 4 mois et jusqu'à 6 mois
  • Le stage est-il rémunéré ?
    Oui
  • Niveau de qualification requis

    Bac + 4/5 et +
  • Lieu du stage
    AgroParisTech UMR PNCA
    16, rue Claude Bernard
    75005 PARIS 5E ARRONDISSEMENT
  • Accès et transports
    Métro M7, Station Censier-Daubenton - Bus 21 ou 27 (Arrêt Berthollet-Vauquelin), 47 (Arrêt Monge)