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STAGE Des données aux modèles : Développement d'une procédure de traitement des données omiques pour l’identification de signatures métabolomiques urinaires
Date de mise à jour de l’offre
Institut National des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement :
L’établissement forme en s’appuyant sur la recherche et sur ses liens aux milieux professionnels des cadres, ingénieurs, docteurs et managers, dans le domaine du vivant et de l’environnement, en déployant un cursus ingénieur, une offre de master et une formation doctorale en partenariat avec de grandes universités françaises et étrangères, ainsi qu’une gamme de formation professionnelle continue sous la marque "AgroParisTech Executive".
Description de la mission
Les travaux de recherche menés dans l'unité PNCA ont pour objectif d'étudier la répercussion de la qualité et de la quantité de l'apport protéique aux niveaux comportemental, cérébral, métabolique, et du statut nutritionnel. Les sujets de recherche de l'équipe d'affectation du stagiaire, "Apport Protéique et Régulation Métabolique" (APReM), portent sur l’évaluation des conséquences des variations de l’apport protéino-énergétique sur le métabolisme et la physiologie, dans différentes situations physiologiques et pathologiques et dans différents contextes nutritionnels. Le stage se fera en lien avec l’équipe SOLsTIS (Statistical mOdelling and Learning for environnemenT and lIfe Sciences) de l’UMR MIA-Paris qui est spécialisée dans le développement de méthodes d’apprentissage statistique pour des données provenant des sciences de la vie et de l’environnement.
La qualité de l’apport alimentaire en protéines des régimes alimentaires dépend de leur capacité à satisfaire les besoins en acides aminés indispensables (AAI) au long des cycles de vie. L’équipe APReM de l’unité PNCA a développé des études précliniques chez le rat, une approche «omique» sensible et non invasive, basée sur l’analyse des profils du métabolome urinaire et plasmatique, comme biomarqueurs spécifiques du statut nutritionnel. Le présent projet vise à identifier des biomarqueurs des sensibilités individuelles à la prise de poids, en fonction des régimes riche en glucides ou de type occidental. Cela sera réalisé par l'analyse chimiométrique de données expérimentales : des échantillons d'urine et de plasma ont été analysés par spectrométrie de masse. Le traitement chimiométrique de ce type de données requiert plusieurs étapes (prétraitement; choix du modèle; interprétation des signaux obtenus; etc.). Le stagiaire réalisera la comparaison de plusieurs méthodes (supervisées ou non) permettant une analyse statistique multivariée de ces données. Il étudiera aussi l'influence de différentes méthodes de prétraitement des données sur les résultats obtenus. Le stagiaire devra donc commencer par un travail bibliographique pour s’approprier les différentes méthodes. Ensuite, l’implémentation sous R et/ou Matlab pourra s’appuyer sur les boîtes à outil et packages existants mais nécessitera du développement de sa part. En plus de l’analyse des données disponibles, la production d’un code commenté et facilement utilisable sur de nouvelles données du même type est un attendu de ce stage.
La qualité de l’apport alimentaire en protéines des régimes alimentaires dépend de leur capacité à satisfaire les besoins en acides aminés indispensables (AAI) au long des cycles de vie. L’équipe APReM de l’unité PNCA a développé des études précliniques chez le rat, une approche «omique» sensible et non invasive, basée sur l’analyse des profils du métabolome urinaire et plasmatique, comme biomarqueurs spécifiques du statut nutritionnel. Le présent projet vise à identifier des biomarqueurs des sensibilités individuelles à la prise de poids, en fonction des régimes riche en glucides ou de type occidental. Cela sera réalisé par l'analyse chimiométrique de données expérimentales : des échantillons d'urine et de plasma ont été analysés par spectrométrie de masse. Le traitement chimiométrique de ce type de données requiert plusieurs étapes (prétraitement; choix du modèle; interprétation des signaux obtenus; etc.). Le stagiaire réalisera la comparaison de plusieurs méthodes (supervisées ou non) permettant une analyse statistique multivariée de ces données. Il étudiera aussi l'influence de différentes méthodes de prétraitement des données sur les résultats obtenus. Le stagiaire devra donc commencer par un travail bibliographique pour s’approprier les différentes méthodes. Ensuite, l’implémentation sous R et/ou Matlab pourra s’appuyer sur les boîtes à outil et packages existants mais nécessitera du développement de sa part. En plus de l’analyse des données disponibles, la production d’un code commenté et facilement utilisable sur de nouvelles données du même type est un attendu de ce stage.
Profil recherché
A partir de Bac +4 ou 5
Diplôme : Master 1, Master 2 ou équivalent
Il est attendu pour ce poste :
- Bonne connaissance du logiciel R et Matlab
- Bonne connaissance des méthodes de traitement multivariées (ACP, PLS) et de méthode de régularisation (LASSO,...)
- Bon niveau d'anglais
- Capacité d'analyse, d'autonomie, de rigueur et d'organisation
Diplôme : Master 1, Master 2 ou équivalent
Il est attendu pour ce poste :
- Bonne connaissance du logiciel R et Matlab
- Bonne connaissance des méthodes de traitement multivariées (ACP, PLS) et de méthode de régularisation (LASSO,...)
- Bon niveau d'anglais
- Capacité d'analyse, d'autonomie, de rigueur et d'organisation
Niveau de qualification requis
Bac + 4/5 et +
Les offres de stage ou de contrat sont définies par les recruteurs eux-mêmes.
En sa qualité d’hébergeur dans le cadre du dispositif des « 100 000 stages », la Région Île-de-France est soumise à un régime de responsabilité atténuée prévu aux articles 6.I.2 et suivants de la loi n°2204-575 du 21 juin 2004 sur la confiance dans l’économie numérique.
La Région Île-de-France ne saurait être tenue responsable du contenu des offres.
Néanmoins, si vous détectez une offre frauduleuse, abusive ou discriminatoire vous pouvez la signaler
en cliquant sur ce lien.
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EmployeurInstitut National des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement
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Secteur d’activité de la structureEnseignement - Formation - Recherche
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Effectif de la structurePlus de 250 salariés
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Site internet de la structurehttp://www.agroparistech.fr
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Type de stage ou contratStage pour lycéens et étudiants en formation initiale
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Date prévisionnelle de démarrage
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Durée du stage ou contratPlus de 4 mois et jusqu'à 6 mois
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Le stage est-il rémunéré ?Oui
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Niveau de qualification requis
Bac + 4/5 et + -
Lieu du stageAgroParisTech UMR PNCA
16, rue Claude Bernard
75005 PARIS 5E ARRONDISSEMENT -
Accès et transportsMétro M7, Station Censier-Daubenton - Bus 21 ou 27 (Arrêt Berthollet-Vauquelin), 47 (Arrêt Monge)