STAGE Analyse structure-fonction de diglycérides acyltransférases DGAT3 pour la biosynthèse d’huile végétale

Nous proposons un stage en laboratoire de recherche avec une partie expérimentale et une partie bio-informatique, portant sur le sujet : Les diglycérides acyltransférases (DGAT) sont des acteurs essentiels de la quantité et de la qualité de l'huile végétale, en participant à l'incorporation spécifique d’acides gras dans les triglycérides. Les utilisations des lipides sont diverses, allant de l'alimentation aux substituts de produits à base de pétrole. Au niveau moléculaire, les principales DGAT impliquées dans l'accumulation des triglycérides appartiennent aux familles 1 (DGAT1) et 2 (DGAT2). Ce sont des protéines membranaires du réticulum endoplasmique. Une troisième famille de protéines, appelée DGAT3, est spécifiquement répandue dans le règne végétal. Encore peu étudiée, cette famille présente des caractéristiques inattendues pour ce type d’activité i) Les enzymes DGAT3 n’ont pas de régions transmembranaires prédites. ii) Comme illustré par DGAT3 de la plante modèle Arabidopsis thaliana, ce sont des métalloprotéines avec un centre Fer-Soufre probablement coordonné par quatre cystéines présentes dans un domaine de type thiorédoxine très conservé. iii). Leur localisation subcellulaire est incertaine ou diverse ; une localisation chloroplastique a été proposée pour certaines de ces protéines, notamment chez une microalgue et chez A. thaliana. Fait intéressant, le compartiment chloroplastique est enrichi en lipides spécifiques, contenant des AG polyinsaturés. Pour mieux caractériser ces protéines, démêler leur fonction et explorer les applications potentielles, nous proposons une double stratégie en utilisant la diversité naturelle : i) démarche expérimentale in vitro pour cribler quelques DGAT3 pour leur interaction avec différents lipides, potentiels substrats ou ligands à rôle régulateur ou encore lipides membranaires. Les activités enzymatiques seront également déterminées. ii) approche in silico pour étudier la distribution des gènes de type DGAT3 chez les organismes photosynthétiques, prédire la localisation subcellulaire de ces DGAT et tenter de modéliser la structure 3D de ces protéines.
Facilité de logement sur le site. L'interaction avec le site de Jouy-en-Josas peut se faire en partie à distance.
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