STAGE Analyse structure-fonction de diglycérides acyltransférases DGAT3 pour la biosynthèse d’huile végétale

Date de mise à jour de l’offre

INRAE (INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L’AGRICULTURE, L’ALIMENTATION ET L’ENVIRONNEMENT) :

Le stage se déroulera à l'Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), une unité mixte de recherche (UMR1318) sous la tutelle conjointe INRAE et AgroParisTech et appartenant à l’Université Paris-Saclay. L'IJPB est également membre fondateur de l’Ecole Universitaire de Recherche (EUR) Saclay Plant Sciences (SPS). L’IJPB est un des plus grands centres de recherche européens dans le domaine de la biologie des plantes. Il regroupe un ensemble de ressources et de compétences pluridisciplinaires en biologie, chimie et mathématiques uniques en France. Notre but : développer une recherche pluridisciplinaire sur le végétal pour produire des connaissances fondamentales en biologie, les inscrire dans un processus d’innovation et répondre ainsi aux défis scientifiques et sociétaux à venir.

Description de la mission

Nous proposons un stage en laboratoire de recherche avec une partie expérimentale et une partie bio-informatique, portant sur le sujet : Les diglycérides acyltransférases (DGAT) sont des acteurs essentiels de la quantité et de la qualité de l'huile végétale, en participant à l'incorporation spécifique d’acides gras dans les triglycérides. Les utilisations des lipides sont diverses, allant de l'alimentation aux substituts de produits à base de pétrole. Au niveau moléculaire, les principales DGAT impliquées dans l'accumulation des triglycérides appartiennent aux familles 1 (DGAT1) et 2 (DGAT2). Ce sont des protéines membranaires du réticulum endoplasmique. Une troisième famille de protéines, appelée DGAT3, est spécifiquement répandue dans le règne végétal. Encore peu étudiée, cette famille présente des caractéristiques inattendues pour ce type d’activité i) Les enzymes DGAT3 n’ont pas de régions transmembranaires prédites. ii) Comme illustré par DGAT3 de la plante modèle Arabidopsis thaliana, ce sont des métalloprotéines avec un centre Fer-Soufre probablement coordonné par quatre cystéines présentes dans un domaine de type thiorédoxine très conservé. iii). Leur localisation subcellulaire est incertaine ou diverse ; une localisation chloroplastique a été proposée pour certaines de ces protéines, notamment chez une microalgue et chez A. thaliana. Fait intéressant, le compartiment chloroplastique est enrichi en lipides spécifiques, contenant des AG polyinsaturés. Pour mieux caractériser ces protéines, démêler leur fonction et explorer les applications potentielles, nous proposons une double stratégie en utilisant la diversité naturelle : i) démarche expérimentale in vitro pour cribler quelques DGAT3 pour leur interaction avec différents lipides, potentiels substrats ou ligands à rôle régulateur ou encore lipides membranaires. Les activités enzymatiques seront également déterminées. ii) approche in silico pour étudier la distribution des gènes de type DGAT3 chez les organismes photosynthétiques, prédire la localisation subcellulaire de ces DGAT et tenter de modéliser la structure 3D de ces protéines.
Facilité de logement sur le site. L'interaction avec le site de Jouy-en-Josas peut se faire en partie à distance.
L’IJPB prend en charge le financement de 50% des frais d’abonnement de transport publics .

Profil recherché

Le stage complètera une formation en biochimie, biologie moléculaire, biologie computationnelle en lien avec la structure des protéines. Nous recherchons une personne motivée, capable de rigueur scientifique et d’interaction avec plusieurs collègues.
L’encadrement sera assuré par : Anne-Marie Crutz-LeCoq, équipe Dyscol, IJPB, Versailles et Gwenaëlle André, équipe StatInfOmics, MaIAGE, Jouy-en-Josas.

Niveau de qualification requis

Bac + 4/5 et +
  • Employeur
    INRAE (INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L’AGRICULTURE, L’ALIMENTATION ET L’ENVIRONNEMENT)
  • Secteur d’activité de la structure
    Enseignement - Formation - Recherche
  • Effectif de la structure
    Plus de 250 salariés
  • Site internet de la structure
    https://ijpb.versailles.inrae.fr
  • Type de stage ou contrat
    Stage pour lycéens et étudiants en formation initiale
  • Date prévisionnelle de démarrage
  • Durée du stage ou contrat
    Plus de 4 mois et jusqu'à 6 mois
  • Le stage est-il rémunéré ?
    Oui
  • Niveau de qualification requis

    Bac + 4/5 et +
  • Lieu du stage
    INRAE Centre de Versailles Saclay
    RD 10 Route de Saint Cyr INRAE
    78000 VERSAILLES
  • Accès et transports
    Accès facile par la Gare de Versailles Chantier ou Versailles Château Rive-Gauche puis Bus (lignes 11, 40, 401, 44,) arrêt INRA Ou Gare de Saint-Cyr l’Ecole puis 15 min de marche jusqu’au centre INRAE