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STAGE 2018-574 Alternant ingénieur bioinformatique : bioinformatique d'analyse métatranscriptomique H/F
Date de mise à jour de l’offre
Institut Pasteur - Pôle Biomics :
The Biomics Pole is the CITECH structure at Institut Pasteur for Next Generation Sequencing and includes both short and long-read technologies. Our mission is to facilitate scientific discovery within Pasteur Institute’s network, with diverse research teams and with private industry.
Description de la mission
La mission confiée à l'alternant est d'évaluer 3 stratégies d'analyse métatranscriptomique couramment utilisées sur des échantillons de nature différente: des échantillons d'eau douce, pauvres en microorganismes ; des échantillons de flore digestive, complexes et très riches en microoganismes ; des échantillons issus de moustiques vecteurs, particulièrement enrichis en transcrits eucaryotes. Après analyse des résultats, un pipeline d'analyse adaptable à la richesse et à la diversité des échantillons sera construit dans l'outil snakemake, publié et mis à la disposition du pôle Biomics.
Missions confiées à l'alternant :
- évaluation de 3 stratégies d'analyses métatranscriptomiques sur 3 jeux de données différents - développement de scripts R pour la comparaison de la qualité des résultats
- Développement d'un pipeline Snakemake, adaptable à la nature des échantillons
Missions confiées à l'alternant :
- évaluation de 3 stratégies d'analyses métatranscriptomiques sur 3 jeux de données différents - développement de scripts R pour la comparaison de la qualité des résultats
- Développement d'un pipeline Snakemake, adaptable à la nature des échantillons
Profil recherché
Bac + 4 Master I filière bio informatique -Programmation en R et Python
Le projet proposé inclut de la bioanalyse, de la programmation informatique et la mise en production d'un pipeline informatique. Il est particulièrement adapté à la formation professionnelle d'un étudiant en alternance en bioinformatique.
Le projet proposé inclut de la bioanalyse, de la programmation informatique et la mise en production d'un pipeline informatique. Il est particulièrement adapté à la formation professionnelle d'un étudiant en alternance en bioinformatique.
Niveau de qualification requis
Bac + 4/5 et +
Les offres de stage ou de contrat sont définies par les recruteurs eux-mêmes.
En sa qualité d’hébergeur dans le cadre du dispositif des « 100 000 stages », la Région Île-de-France est soumise à un régime de responsabilité atténuée prévu aux articles 6.I.2 et suivants de la loi n°2204-575 du 21 juin 2004 sur la confiance dans l’économie numérique.
La Région Île-de-France ne saurait être tenue responsable du contenu des offres.
Néanmoins, si vous détectez une offre frauduleuse, abusive ou discriminatoire vous pouvez la signaler
en cliquant sur ce lien.
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EmployeurInstitut Pasteur - Pôle Biomics
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Secteur d’activité de la structureEnseignement - Formation - Recherche
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Effectif de la structureDe 21 à 50 salariés
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Type de stage ou contratStage d'immersion en milieu professionnel dans le cadre de la formation professionnelle continue
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Date prévisionnelle de démarrage
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Durée du stage ou contratSupérieur à 6 mois
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Le stage est-il rémunéré ?Oui
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Niveau de qualification requis
Bac + 4/5 et + -
Lieu du stage25-28 rue du Docteur Roux
75015 Paris -
Accès et transportsMétro Pasteur