STAGE 2018-574 Alternant ingénieur bioinformatique : bioinformatique d'analyse métatranscriptomique H/F

Date de mise à jour de l’offre

Institut Pasteur - Pôle Biomics :

The Biomics Pole is the CITECH structure at Institut Pasteur for Next Generation Sequencing and includes both short and long-read technologies. Our mission is to facilitate scientific discovery within Pasteur Institute’s network, with diverse research teams and with private industry.

Description de la mission

La mission confiée à l'alternant est d'évaluer 3 stratégies d'analyse métatranscriptomique couramment utilisées sur des échantillons de nature différente: des échantillons d'eau douce, pauvres en microorganismes ; des échantillons de flore digestive, complexes et très riches en microoganismes ; des échantillons issus de moustiques vecteurs, particulièrement enrichis en transcrits eucaryotes. Après analyse des résultats, un pipeline d'analyse adaptable à la richesse et à la diversité des échantillons sera construit dans l'outil snakemake, publié et mis à la disposition du pôle Biomics.

Missions confiées à l'alternant :

- évaluation de 3 stratégies d'analyses métatranscriptomiques sur 3 jeux de données différents - développement de scripts R pour la comparaison de la qualité des résultats

- Développement d'un pipeline Snakemake, adaptable à la nature des échantillons

Profil recherché

Bac + 4 Master I filière bio informatique -Programmation en R et Python

Le projet proposé inclut de la bioanalyse, de la programmation informatique et la mise en production d'un pipeline informatique. Il est particulièrement adapté à la formation professionnelle d'un étudiant en alternance en bioinformatique.

Niveau de qualification requis

Bac + 4/5 et +
  • Employeur
    Institut Pasteur - Pôle Biomics
  • Secteur d’activité de la structure
    Enseignement - Formation - Recherche
  • Effectif de la structure
    De 21 à 50 salariés
  • Type de stage ou contrat
    Stage d'immersion en milieu professionnel dans le cadre de la formation professionnelle continue
  • Date prévisionnelle de démarrage
  • Durée du stage ou contrat
    Supérieur à 6 mois
  • Le stage est-il rémunéré ?
    Oui
  • Niveau de qualification requis

    Bac + 4/5 et +
  • Lieu du stage
    25-28 rue du Docteur Roux
    75015 Paris
  • Accès et transports
    Métro Pasteur