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Les dossiers Recherche Cancéropôle, l’union fait la force Reportage : la bioinformatique à l’Institut Curie
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Reportage
La bioinformatique à l’Institut Curie
Le pôle de bioinformatique de l’Institut Curie analyse et interprète des données cliniques et biologiques sur les gênes identifiés comme pouvant jouer un rôle dans la genèse des cancers.
Un mélange de biologie, mathématiques et informatique
Créée fin 2002, la plateforme de bioinformatique de l’Institut Curie analyse et interprète des données cliniques et biologiques issues des programmes d’étude génomique des tumeurs au moyen de méthodes mathématiques et d’outils informatiques. Son action, directement soutenue par la Région via le financement d’équipements scientifiques, s’inscrit dans le cadre du Cancéropôle Île-de-France.
Juste à côté du Panthéon, rue des Fossés-Saint-Jacques, la plateforme de bioinformatique occupe tout le premier étage d’un édifice datant de la seconde moitié du XXe siècle, qui abrite également des habitations. Dans des bureaux, une vingtaine d’ingénieurs, mathématiciens et physiciens analysent un nombre important de données concernant les gênes identifiés comme pouvant jouer un rôle dans la genèse des cancers.
Analyser et organiser les données cliniques et biologiques
Avec les progrès technologiques, les chercheurs et médecins croulent sous les données, en augmentation constante. « Les données viennent aussi bien de la section médicale et de la section recherche de l’Institut » explique Patrick Poullet, ingénieur de recherche.
Tandis que les puces à ADN permettent aux scientifiques d’étudier systématiquement l’ensemble des gènes de la cellule normale ou cancéreuse, les méthodes statistiques et mathématiques adaptées et leur traduction en outils informatiques sont nécessaires pour analyser l’ensemble des données contenues dans les puces. Il s’agit d’homogénéiser, recouper et intégrer des informations dont le volume et la diversité ne cesse d’augmenter.
Grâce à des outils logiciels adaptés, les bioanalystes peuvent ensuite extraire de nouvelles connaissances biologiques et cliniques des données. Pour optimiser leur travail, de nouveaux serveurs bioinformatiques plus puissants avec une forte capacité de stockage sont en cours d’installation. Pour l’instant, la plateforme dispose de deux serveurs, deux grosses machines de la taille d’une armoire, installés dans le bâtiment Curie de l’Institut.
Générer de nouvelles connaissances sur le fonctionnement des gênes
Au carrefour de la biologie, des maths et de l’informatique, la bioinformatique génère de nouvelles connaissances sur le fonctionnement des gènes, leur évolution et leur état. Elle pourrait permettre d’une part d’améliorer la compréhension des mécanismes moléculaires responsables de l’apparition et la progression des tumeurs ; et d’autre part, d’affiner la classification des tumeurs et d’aider ainsi à une meilleure prise en charge thérapeutique du patient. « En fonction du niveau d’expression de l’ensemble des gènes de la cellule tumorale, le stéréotype du patient est identifié, ce qui permet un traitement adapté » assure Emmanuel Barillot, responsable de l’unité.
Article publié le 9 mars 2007
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